Օրենքի հոդվածներից մեկը վերաբերում է Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսին, «Հայաստանի Հանրապետության նախագահը Հայաստանյայց Առաքելական Սուրբ Եկեղեցու գլուխ ընտրված Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսին շնորհում է Հայաստանի Հանրապետության քաղաքացիություն, եթե նա Հայաստանի Հանրապետության քաղաքացի չէ»:
Օրենքի իմաստով, ըստ այդմ, Կաթողիկոսը Վեհ է, Վեհափառ է, համայն հայության հոգևոր Առաջնորդն է ՀԱԵ տիրույթում, բայց ոչ՝ պետական հիերարխիայում և հանրային-քաղաքական կյանքում:
Օրենքը ՀԱԵ-ի համար որոշակի լիազորություններ սահմանում է միայն կրթության ոլորտում. Եկեղեցին «իրավունք ունի հիմնելու կամ հովանավորելու ուսումնական հաստատություններ, մասնակցելու պետական կրթական հաստատություններում «Հայ եկեղեցու պատմություն» առարկայի ուսումնական ծրագրի և դասագրքի մշակմանը, պետական կրթական հաստատություններում կազմակերպելու կամավոր դասընթացներ և այլն:
Օրենքը նաև ճանաչում է եկեղեցական ամուսնությունների գրանցումը: Պետությունը պարտավորվում է միջազգային իրավունքի նորմերի շրջանակներում պաշտպանել ՀԱԵ գործունեությունն արտերկրում:
Հայաստանի գործող իշխանությունը սույն օրենքի որևէ դրույթ խախտե՞լ է կամ խախտո՞ւմ է: Եթե՝ այո, ապա Կաթողիկոսն ինչո՞ւ չի դիմում դատարան, որպեսզի դատական կարգով վերականգնի Եկեղեցու «ոտնահարված իրավունքները»:
Իսկ եթե պետությունը Եկեղեցու հետ հարաբերություններում սահմանադրությունը, սույն, «Խղճի ազատության և կրոնական կազմակերպությունների մասին» օրենքը չի խախտել, ապա ո՞րն է «Եկեղեցու դեմ իշխանության պայքարը», մի թեզ, որ լայն տարածվում է հատկապես ռուսաստանյան մամուլում:
Պետությունը Եկեղեցու ներքին գործերին միջամտելու իրավունք, այո, չունի: Իսկ Եկեղեցին պարտավոր չէ՞ գործել սահմանադրությամբ և ՀՀ օրենսդրությամբ վերապահված լիազորությունների վերագրված պարտավորությունների շրջանակներում: