Մարգարիտա Խաչատրյանը ժամանակակից հայ կոմպոզիտորական արվեստի այն ներկայացուցիչներից է, որոնց ստեղծագործական կերպարը ձևավորվում է տարբեր գեղագիտական հոսքերի ներգործությամբ՝ պահպանելով ներքին ամբողջականությունն ու արտահայտման հստակությունը։
Նրա գործունեության առանցքային ոլորտներից է երգարվեստը, որտեղ նա հանդես է գալիս որպես խոր զգացողությամբ և մտածողությամբ օժտված հեղինակ։ Խաչատրյանը ստեղծում է երգեր՝ հիմնվելով հայ պոեզիայի տարբեր սերունդների ներկայացուցիչների գործերի վրա՝ նախապատվություն տալով իմաստային, քնարական և բովանդակային տեքստերին։ Բանաստեղծական խոսքը նրա համար դառնում է գաղափարական հիմք, որից բխում են երաժշտական ձևը, հնչերանգային լուծումները և կառուցվածքային տրամաբանությունը։
Ժանրային առումով կոմպոզիտորի ստեղծագործությունները աչքի են ընկնում ընդգրկուն դիապազոնով։ Նրա երաժշտական մտածողության մեջ համադրվում են ակադեմիական երաժշտությանը բնորոշ ձևաստեղծման սկզբունքները՝ փոփ և ջազ երաժշտությանը հատուկ արտահայտչական հնարքների հետ։ Այս բազմաշերտությունը չի վերածվում ոճական խառնաշփոթի, քանի որ հեղինակը մշտապես ձգտում է գեղագիտական հավասարակշռության և ոճական զտվածության։
Նա աշխատել է Ինգա և Անուշ Արշակյանների հետ, ինչպես նաև համագործակցել է Հայաստանի պետական ջազ նվագախմբի հետ՝ յուրաքանչյուր նախագծի ընթացքում պահպանելով սեփական հեղինակային լեզվի ինքնատիպությունը։ Միևնույն ժամանակ, նրա ստեղծագործություններում ակնհայտ է ձգողականությունը դեպի ակադեմիական ձևաչափերը, ինչը դրսևորվում է երաժշտական ձևի հստակությամբ, թեմատիկ զարգացման տրամաբանությամբ և հնչյունային մշակման խորությամբ։
Մարգարիտա Խաչատրյանի ստեղծագործական դիմագծում առանձնահատուկ տեղ է զբաղեցնում հոգևոր երաժշտությունը։ Այս ոլորտում նա հանդես է գալիս որպես հայկական հոգևոր ժառանգության գիտակից և նրբազգաց մեկնաբան։ Կոմպոզիտորը գործիքավորել է հայկական միջնադարյան շարականները երգեհոնի և երգչախմբի համար՝ ստեղծելով մի քանի տասնյակ մշակումներ, որոնք միաժամանակ հավատարիմ են սկզբնաղբյուրի ոգուն և բացում են նոր հնչյունային հեռանկարներ։ Նրա մշակումներում միջնադարյան մոնոդիկ մտածողությունը զուգորդվում է ժամանակակից հարմոնիկ և տեմբրային լուծումների հետ՝ չխաթարելով շարականների ներքին հոգևոր շնչառությունը։
Եկեղեցական ծառայությունը կարևոր դեր ունի նրա ստեղծագործական աշխարհընկալման ձևավորման մեջ։ Մարգարիտան գործում է եկեղեցում որպես երգեհոնահար՝ լիովին տիրապետելով այդ նվագարանին, ինչպես նաև ղեկավարում է եկեղեցական կանացի երգչախումբը։ Այս գործնական փորձառությունը նրան հնարավորություն է տալիս հոգևոր երաժշտությանը մոտենալ ոչ միայն տեսական կամ հեղինակային դիրքերից, այլև կենդանի կատարողական միջավայրում՝ հաշվի առնելով ձայնի, տարածության և ծիսական ավանդույթի առանձնահատկությունները։
Որպես կոմպոզիտոր՝ Մարգարիտա Խաչատրյանը հիմնականում հետաքրքրված է հոգևոր և իմաստաբանական թեմաներով, և նրա ստեղծագործական դրսևորումները մեծապես պայմանավորված են այդ ներքին որոնումներով։ Նրա երաժշտությունը զերծ է արտաքին ազդեցությանն ուղղված ցուցադրականությունից և կենտրոնացած է բովանդակության, մտքի և հոգևոր խորության վրա։ Այդ պատճառով նրա ստեղծագործությունները ներկայանում են որպես ներքին հավասարակշռությամբ և խորախորհուրդ լարվածությամբ օժտված երաժշտական ամբողջություններ, որոնցում յուրաքանչյուր հնչյուն կրում է իր իմաստային կշիռը։